O zoneamento nas áreas de reserva de desenvolvimento sustentável refere-se à definição das áreas destinadas à proteção total e das áreas de manejo sustentado dos recursos naturais.
Esta definição é feita com base nos resultados de pesquisas científicas e dos acordos, com as populações envolvidas, para o uso dos recursos naturais de forma sustentada.
Na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, o zoneamento foi definido com ampla participação das populações de moradores locais e usuários, moradores da área de entorno, e está apresentado em seu Plano de Manejo.