O Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM) foi criado em maio de 1999, com o objetivo de dar continuidade aos trabalhos de implementação que já vinham sendo realizados pelo Projeto Mamirauá desde a década de 1980. Em 7 de julho de 1999, por decreto presidencial, foi qualificado como Organização Social. É vinculado ao Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT).
Por intermédio de convênios com o Governo do Estado do Amazonas, com interveniência da Secretaria de Desenvolvimento Sustentável (SDS), o IDSM é cogestor de duas reservas estaduais - a Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá e a Reserva de Desenvolvimento Sustentável Amanã - duas unidades de conservação com, respectivamente, 1,12 milhão e 2,31 milhões de hectares, consideradas Patrimônio Mundial pela Unesco. A RDS Mamirauá é considerada uma área alagada de importância internacional e inscrita como um dos sítios brasileiros da Convenção Ramsar, das Nações Unidas, que protege áreas alagáveis em todo o mundo. Já a Reserva Amanã é maior unidade de conservação do Brasil e, junto com a Reserva Mamirauá e com o Parque Nacional do Jaú, forma o maior bloco de floresta tropical protegida do mundo, que totaliza aproximadamente seis milhões de hectares e forma uma área maior do que a Suíça.
O IDSM tem por missão o desenvolvimento de modelo de área protegida para grandes áreas de florestas tropicais onde, por meio de manejo participativo, possa ser mantida a biodiversidade, seus processos ecológicos e evolutivos, buscando a melhoria da qualidade de vida da população tradicional.
Os órgãos da Administração do IDSM são:
O Conselho de Administração
O Conselho Técnico-Científico
A Diretoria
A atual Diretora Geral é Ana Rita Alves. A Diretora Geral é apoiada por três diretores adjuntos: Helder L. Queiroz, Diretor Técnico-Científico; Isabel Soares de Sousa, Diretora de Manejo e Recursos Naturais, e Selma Santos de Freitas, Diretora Administrativa.